Năm Quang Hòa nguyên niên (178), Hán Linh Đế tin lời Trung thường thị Vương Phủ, phế truất và giam cầm Tống hoàng hậu, Hoàng hậu u buồn mà chết[4]. Năm thứ 3 (180), ngày 5 tháng 12, Hán Linh Đế lập Hà thị làm Hoàng hậu[5][6].

Sau khi trở thành Hoàng hậu, cha của Hà hoàng hậu là Hà Chân được truy tặng Xa Kị tướng quân, tước Vũ Dương hầu (舞阳侯), thụy Tuyên Đức (宣德); mẹ của bà được phong tước Vũ Dương quân (舞陽君). Anh trai bà là Hà Tiến thăng quan nhanh chóng, từ Lang trung lên Tương tác đại tướng (將作大匠), rồi Hà Nam doãn (河南尹)[7][8][9][10][11]. Trong khi đó tại hậu cung, Hà hoàng hậu rất hay ghen ghét và hãm hại cung phi khiến ai ai cũng đều sợ bà. Khi ấy, Vương mỹ nhân của Hán Linh Đế đã sinh một con trai tên là Lưu Hiệp. Hà hoàng hậu bèn ám sát Vương mỹ nhân bằng cách bỏ thuốc độc vào cháo. Hán Linh Đế rất tức giận và muốn phế bà, nhưng các hoạn quan xin giúp nên bà đã không bị truất ngôi. Hán Linh Đế gửi hoàng tử Lưu Hiệp cho mẹ ruột là Hiếu Nhân Đổng hoàng hậu nuôi dưỡng để đảm bảo an toàn không bị Hà hậu sát hại[12].

Năm Trung Bình nguyên niên (184), diễn ra khởi nghĩa Khăn Vàng. Anh trai Hà hậu là Hà Tiến được phong Đại tướng quân (大将军), dẫn binh trấn áp cuộc khởi nghĩa, lập được đại công. Do công lao lớn, Hà Tiến được phong Thận hầu (慎侯). Năm thứ 4 (187), có giặc Huỳnh Dương, em trai Hà Tiến là Hà Nam doãn Hà Miêu được phái đi trấn dẹp. lập đại công, được bái Xa Kỵ tướng quân, phong Tế Dương hầu (濟暘侯)[13]. Lúc này gia tộc Hà thị hưng thịnh, Hà hoàng hậu lại càng có địa vị vững chắc trong triều đình.

Khi các hoàng tử lớn lên, Hán Linh Đế quyết định chọn ngôi vị Thái tử. Lưu Biện ra đời trước, nhưng Hán Linh đế thấy đứa con này không đủ trí tuệ, không thể làm Tự quân. Tuy vậy, Linh Đế sủng ái Hà hậu, lại có anh trai của Hà hậu là Hà Tiến nhậm chức Đại tướng quân, Hán Linh Đế chần chờ không quyết[14].